Retrouver les segments?

La question est: peut-on retrouver les nucleotides du segment, oui, mais dans l’ordre? Il me semble impossible. La question posée, donc, est dans l’ordre ou sans ordre? Merci

Bonjour,

Pourriez-vous préciser la démarche qui permettrait de retrouver la suite, même non ordonnée, des L nucléotides qui ont conduit au tracé d’un segment ?

François Rechenmann

Ne connaissant que L (donc le nombre de nucleotides) et le résultat du calcul A-T // C-G, à mon avis il est impossible de reconstituer la séquence, des que L est sufisantment long. Exemple: L= 10. Coordonnées du segment (x=2, y=2). Avec les séries suivantes: CCAGGGACCC et ACACTGTCAC a mon avis on arrive au même résultat. J’avoue que mon algoritme dans ce cas a été papier et crayon.

Finalement quelle est la réponse?

Bonjour,

Imaginez que vous avez une fenêtre de 20 nucléotides et que le calcul pour le tracé vous a donné :
nb A - nb T = 2 (2 pas vers le haut)
nb C - nb G = 4 (4 pas vers la droite)
Vous savez également que : nb A + nb T + nb G + nb C = 20 (taille totale de la fenêtre).
Vous vous retrouvez donc avec 3 équations et 4 inconnues. Comme vous l’avez pressenti, il y aura plusieurs solutions possibles.

Dans notre exemple, on peut déduire :
nb A = nb T + 2
nb C = nb G + 4
En remplaçant dans le calcul de longueur totale :
(nb T + 2) + nb T + (nb G + 4) + nb G = 20
soit 2 nb T + 2 nb G = 14
donc nb T + nb G = 7

on peut donc avoir nb T = 2 et nb G = 5
ou nb T = 4 et nb G = 3 …

Ok, il y a plusieurs solutions possibles. J’avais cru comprende qu’il s’agissait de retrouver la séquence originale et uniquement celle-la, pas tous les chemins possibles. D’ou mon exemple qui signalait qu’il y avait plusieurs solutions. En tout cas, j’ai peut-être mal compris la question posée, mais par contre je pense que j’ai bien compris le sujet. Merci Amarine13