Bonjour,
Pourquoi ne pas transcrire en code génétique avant de rechercher les gènes ?
Le code Python aurait été simplifié et la recherche accélérée car l’algorithme n’aurait plus eu à manipuler des triplets mais seulement un caractère à la fois ?
Malgré que cette implémentation soit purement pratique et ne reflète pas la vérité (car on ne peut parler d’acides aminés d’ADN), l’efficacité informatique ne vaut-elle pas quelques raccourcis ?
Bonjour,
Effectivement, la recherche des régions codantes pourrait être menée sur la séquence traduite.
Mais :
Ce ne serait pas très pédagogique, car encore plus éloigné du point de vue biologique ;
Il faudrait traduire la séquence dans les 3 phases (et éventuellement aussi les 3 phases du brin complémentaire) ;
Et revenir à la séquence non traduite si la recherche de RBS est souhaitée pour conforter la prédiction ;
Je ne suis pas certain du gain de temps d’exécution global.
Bonjour monsieur, j’ai un sérieux souci avec la création d’un tableau multidimensionnel dans le logiciel algobox. Ce qui m’empêche de pouvoir l’implémenter.
Merci d’avance pour votre réaction.
Moustapha.
Bonjour,
Pourquoi voulez-vous mettre en oeuvre un tableau multidimensionnel ?
François Rechenmann