Pourquoi des fenêtres recouvrantes ?

Bonjour,

Je m’interroge également sur le recouvrement. Cela signifie que certaines parties de la séquence sont comptabilisées 2 fois tandis que la grande majorité n’est prise en compte que dans une seule fenêtre. On pourrait penser que cela fausse les calculs et qu’il faut au contraire éviter tout recouvrement !

C’est plutôt le contraire, me semble-t-il : la grande majorité des caractères de la séquence sont pris en compte plusieurs fois (ça dépend évidemment de la taille du recouvrement) et seuls ceux en début et fin de séquence sont affectés par le biais que vous mentionnez.