eleho
Bonjour,
Dans le benchmark de l’algorithme de Needleman & Wunsch, on constate que le code python est 120 fois plus lent que C++. Cela pourrait être encore plus flagrant avec un code C++ utilisant tous les cœurs (multi-thread) sur les processeurs actuels (8 cœurs étant la meilleure performance/prix ).
Par ailleurs le code python pourrait lui aussi être plus performant (hors pypy) en utilisant des structures comme Numpy (étant un standard dès que l’on manipule des tableaux avec les modules comme Scipy, statsmodels, Pandas et autres).
Et qu’en est-il de Biopython ? J’imagine que les algos sont implémentés en C et wrappés en python, malgré que le multithread ne soit toutefois pas possible (à cause de GIL qui bloquerait).