Bonjour,
Pourriez-vous m’indiquer pour quelles valeurs k les matrices de transition sont les plus pertinentes et /ou les plus utilisées par les généticiens.
Les valeurs k utilisées, sont-elles différentes pour l’analyse de génomes procaryotes et eucaryotes ?
Vous remerciant par avance pour votre/vos retours éclairés.
Bonjour,
Votre première question porte sur la pratique de la bioinformatique dans l’analyse des génomes, bien au delà des objectifs de ce MOOC. Je ne peux que vous recommander de vous reporter à des ouvrages/articles spécialisés, ou directement à des spécialistes de cette problématique spécifique.
Une première réponse à votre seconde question est le recours aux modèles de Markov cachés (ou HMM : Hidden Markov Models), qui sont requis par la structure plus complexe des gènes eucaryotes.
Bonjour,
Je vous remercie pour votre retour et ne manquerai pas de consulter les articles et ouvrages pour aller plus loin.
Egalement merci monsieur Rechenmann pour ce MOOC qui donne une approche très claire du sujet.