Bonjour,
Je pense qu’il y a un petit bug dans les Notebooks. En effet à chaque fois que j’execute une “ligne” contenant la definition de la fonction “coding region” j’ai des choses qui s’affichent qui n’ont rien à voir et de même quand on importe “coding_region_one_phase”. Je partage le lien pour un notebook mais ça le fait pour d’autre. exemple de notebook avec les bugs
Bonjour echidne
pour être honnête ça fait super longtemps que je n’ai pas remis mon nez dans ces notebooks, et je ne vois pas à première vue ce qui pose problème dans ce snapshot
en tous cas je l’ai exécuté dans mon environnement et j’obtiens la même chose; pourrais-tu être plus explicite sur ce qui cloche ici ?
Bonjour Thierry,
Quand tu executes la ligne 1 , cela ne devrait rien afficher or tu vois soudainement apparaître :
the rest of 25 divided by 10 is 5
dealing with 1
dealing with 2
dealing with 4
PHASE 0
found at index 0 ATG
found at index 9 ATG
found at index 54 ATG
PHASE 1
found at index 40 ATG
PHASE 2
found at index 5 ATG
found at index 32 ATG
ATGCGATGTATGCGTGCAGCTGCTAGCTCGTAATGTCGTCATGGATCATCGATCATGG
PHASE 0
found at index 30 TAA
PHASE 1
PHASE 2
found at index 23 TAG
Ce qui est anormal à mon avis.
DE même quand tu exécutes la ligne 3 (from w3_s02_c1_coding_regions_v1 import coding_regions_one_phase), cela ne devrait rien afficher et pourtant tu vois apparaitre : counter = 2
counter = 4
counter = 8
counter = 16
counter = 32
counter = 64
after the loop
subtilis has 4215367 bases
We found 788 genes on phase 0
average gene length 830.2119289340102
min = 300, max = 7629
Percentage of coding region 0.1551957397778177
et un graphique
C’est celà que j’appelle des bugs : des trucs qui se passent mais qui ne devrait pas etre 
bonjour echidne
effectivement, ce qui se passe ici c’est que la ligne
from w3_s03_c2_next_codon import next_start_codon, next_stop_codon
en fait ne va pas se contenter d’importer les fonctions (qui viennent du notebook), mais elle va complètement réexécuter le notebook en question en entier; avec les exemples et tout
c’est très améliorable comme workflow; bref pour l’instant j’ai patché tout ça à la main, et un peu à la serpe je dois dire…
n’hésite pas à tester à l’occasion et à me dire si ça fait le job ou pas
PS.
pour que mes modifications entrent en jeu il faut que le container redémarre - c’est à dire en clair rster inactif et attendre qu’il y ait le message sur le fait que le noyau n’est plus là; je ne sais pas si c’est clair…