Bonjour,
dans la vidéo, il est précisé que l’on souhaite une distance minimale (typiquement 100 AA).
Cette longueur correspond-elle à celle d’une ORF (entre 2 codons stop) ou d’une région codante (entre un codon start et un codon stop) ?
Merci.
Bonjour MOOCale,
Sur les diapos 4 et 5, il est précisé qu’il s’agit de la distance entre deux triplets stop consécutifs.
C’est aussi comme ça que je l’avais compris.
Mais, dans la fonction coding_regions_one_phase, on introduit une condition sur la distance minimale entre le codons start et stop2 :
if stop2 - start < minimal_length:
# si la region est trop petite, on l'ignore
pass
Du coup, j’ai un doute sur la définition de cette distance…
La longueur minimale est un paramètre de la recherche heuristique de gènes, au sens de régions codantes, présentée ici.
Appliquer ce seuil lors de la recherche des ORF, ou lors de la recherche de CDS au sein de ces ORF précédemment retenus, relève du même principe de filtrage.