Algorithme de traduction

Bonjour . je n’ai pas bien compris l’algorithme de traduction
Précisément l’usage du or et du ans
Merci

Bonjour azizatoukouroua,

Ces opérateurs logiques, OR et AND, permettent de tester plusieurs conditions.
On utilisera AND si on veut s’assurer que plusieurs conditions sont vérifiées simultanément, et OR si on veut s’assurer qu’au moins une parmi plusieurs conditions est vérifiée.

Il me semble que François explique pourquoi on utilise l’opérateur OR dans l’algorithme (vers 5’00 dans la vidéo de la section 2.4).
Ici en effet, la boucle doit s’arrêter dès lors que l’on rencontre la fin de la chaîne dans les trois caractères suivants. Il y a donc trois conditions à tester, qui sont liées par un opérateur OR, car la boucle doit s’arrêter dès que l’une d’entre elles est vraie.

Peut-être pourrais-tu être plus précis quant à l’endroit qui te pose problème exactement ?

Bonjour,

Etant novice en bioinformatique, je souhaite en premier vous dire merci pour ce MOOC très intéressant.

J’aimerai m’entrainer, à créer un algorithme de traduction sur une séquence d’ARN réelle ou fictive de quelques nucléotides, sur le logiciel Rstudio. J’ai recréé pour cela le tableau du code génétique via excel au format csv, afin de l’importer dan R. Comment faire pour importer une séquence d’ARN (quel format sur Rstudio, puis de travailler dessus, donc écrire un algorithme de traduction qui se servirait de mon tableau et de la séquence?

Je doit en premier lieu définir mes variables, est-il possible d’utilisé le même algorithme que dans le cours? Si oui il faut changer des commandes mais lesquelles? Peut-être qu’il est trop tôt pour réaliser de tel exemple?

Par avance Merci pour votre aide.

Bonjour,

Tout d’abord merci pour vous appréciation positive de ce MOOC.

Vous mentionnez dans votre message que vous souhaitez implémenter un algorithme de traduction d’une séquence d’ARN. Ou pensez-vous à une séquence d’ADN ? Les deux options sont possibles, mais les algorithmes et le tableau du code génétique diffèrent quelque peu.

Donc première question avant d’aller plus loin : séquence d’ADN ou séquence d’ARN ?

François Rechenmann

Bonjour et merci pour votre retour.

C’est vrai que c’est un peu flou. En fait je souhaite traduire une séquence d’ARN avec le tableau du code génétique sur le logiciel Rstudio.

Antony Bensalem

Bonjour,

Je ne peux guère vous aider pour ce qui concerne l’implémentation dans l’environnement Rstudio.

Quant à l’algorithme à mettre en oeuvre, je vous conseille de débuter par sa version la plus simple :

• parcours triplet par triplet de la séquence d’ADN (dans l’alphabet A, C, G, T donc) ;

• pour chaque triplet, recherche (séquentielle) dans le tableau de correspondance triplet d’ADN - acide aminé ;

• ajout du caractère associé à l’acide aminé en bout de la chaîne protéique.

Dans cette première version, faites l’hypothèse simplificatrice que la longueur de séquence d’ADN en entrée est un multiple de 3, et que chaque triplet la composant correspond bien à un des 20 acides aminés.

François Rechenmann

Bonjour,

Merci pour votre réponse, je vais essayer cela.

Antony Bensalem