Bonjour,
En phase 2, le programme Python du notebook fournit une réponse unique selon l’algorihme de Needleman. Or, il peut exister plusieurs chemins optimaux. L’algorithme tel qu’écrit fait-il systématiquement la même unique prédiction ou est-ce aléatoire parmi les chemins optimaux possibles ?
Comment faire pour rendre compte de l’ensemble des chemins optimaux existants ?
Merci pour vos lumières !
Effectivement, lors de la 2e phase de l’algorithme, quand il s’agit de remonter du noeud (N, M) au noeud (0, 0), il se peut, qu’à un noeud (I, J), plusieurs (au plus 3) choix optimaux se révèlent possibles.
De ce fait, si vous souhaitez produire tous les alignements optimaux des 2 séquences, il vous faudrait itérer, à chaque fois qu’un tel choix multiple se présente, sur cet ensemble de noeuds (se réduisant le plus souvent à un seul noeud “amont”), et non plus retenir seulement le premier noeud optimal identifié.
La difficulté, me semble-t-il, sera de mémoriser et de gérer les différents choix et alignements qui en résultent.
Qu’en pensez-vous ?