Que faire avec des collègues pas convaincus / pas interessé ?

Bonjour,

Dans le domaine dans lequel je travaille (la médecine), le caractère reproductible de la recherche n’est pas un sujet à la mode (même si cela commence à être évoqué par les éditeurs de certaines revues ou par des décideurs).

Je suis donc plutôt confronté à de l’incompréhension et les outils présentés ici (R, Markdown, Git …) sont largement inconnus et personne ne s’y intéressent. Et je ne parle même pas des outils plus “exotiques” (dans ce secteur en tout cas) comme Python, Latex ou Emacs.

Mes collègues (et les différentes directions) sont très attachés (pour ne pas dire complétement dépendants) aux outils bureautiques de la firme de Redmond. Même chose pour les internes et les étudiants.

Dans ces conditions, comment essayer de développer la notion de recherche reproductible pour être prêt avant d’être obligé de s’y mettre ?

Romuald

Dans votre description, je vois deux obstacles : le manque de motivation (“tant que personne ne nous oblige, pourquoi faire l’effort?”) et l’effort nécessaire (adopter d’autres logiciels que ceux qu’on connaît déjà).

Côté logiciels, on peut faire des compromis. Rien n’empêche de gérer un fichier .docx avec Git et GitLab. On n’a pas accès à toute la fonctionnalité de la gestion de versions, notamment pas à la visualisation des différences, mais on peut conserver un historique, ce qui est déjà un pas en avant. En fait, sur le fond rien n’empêche le développement d’une gestion de version complète pour .docx. Tout ce qui manque est un acteur motivé et capable de porter et financer un tel développement.

La motivation est un sujet plus délicat. Il faudrait d’abord élucider sur quel point vos collègues ne sont pas d’accord avec vous. Est-ce qu’ils ne voit pas que les résultats reproductibles sont plus fiables ? Ou est-ce que la fiabilité n’a pas autant d’importance pour eux ? Les deux cas nécessitent une argumentation différente.

Dans mon propre environnement (physique/chimie), il y a eu beaucoup de résistance aussi pendant des longues années. Ça commence tout juste à changer. La reproductibilité était plutôt vue comme si difficile à obtenir qu’elle aurait empêché tout progrès. C’était donc vu comme une forme de perfectionnisme. Aujourd’hui c’est assez facile d’argumenter contre ce point de vue : d’autres y arrrivent !

Bonjour,

à toute fin utile, une tentative récente pour favoriser l’évolution des pratiques:
Vers une recherche reproductible: Faire évoluer ses pratiques (version HTML). Un autre livre complètement complémentaire et que j’ai beaucoup apprécié: The Irreproducibility Crisis of Modern Science. Causes, Consequences, and the Road to Reform. Une façon d’encourager la prise de conscience consiste à imprimer ce genre d’ouvrage et à les laisser innocemment trainer à la cafète… C’est ce que j’ai fait chez moi et ça marche pas mal je pense.

Bonne journée,

Arnaud

Merci pour ces documents.

Je vais les étudier avec attention.

L’ouvrage en français fait quand même 136 pages, ce qui le rend difficile à imprimer (même sous forme de livret) et je ne suis pas sûr qu’il puisse convertir des septiques, même en le laissant à la machine à café.

Une forme résumée et / ou “sexy” serait souhaitable…

Je vais peut être essayé de rédiger un tel document, mais c’est sans garantie.

Bonjour,

Les 136 pages sont très aérées. Si ce n’est que ça le problème, je pense qu’un petit changement de style LaTeX le réduirait considérablement.

Les sceptique sont un vrai défi. Mais dans votre domaine, je pense que le second qui évoque des aspects plus méthodologiques et statistiques sera certainement plus adapté. J’espère que le style humoristique ne sera pas un obstacle.

Tenez nous au courant via les issues de bookrr, l’effort nous intéresse au plus haut point.

Bonne journée,

Arnaud