Présentez-vous / introduce yourself

Bonjour à toutes et tous !

Et si nous faisions connaissance ? Pour plus de convivialité, n’hésitez pas à vous présenter en répondant à ce message. Qui êtes-vous ? Que faites-vous là ?..

Je commence : Je suis Marie-Hélène, ingénieure pédagogique au Learning Lab Inria. Avec ma collègue Laurence, nous vous accompagnerons tout au long de ce MOOC pour répondre plus particulièrement à vos questions sur le fonctionnement de la plateforme et l’organisation du cours.

Hello everybody!

Let’s get to know each other better… To contribute to a friendlier atmosphere, introduce yourself by replying to this post. Who are you? Why did you come here?

Let’s start! I am Marie-Hélène, pedagogical engineer at Inria Learning Lab. With my colleague Laurence, we will be there to answer your questions about the organisation of the MOOC and the use of the platform. Have a nice MOOC!

Bonjour,
Je suis Laurence, ingénieure pédagogique au Learning Lab Inria. Je vous souhaite la bienvenue pour cette 2e session du Mooc Recherche reproductible !
Bon Mooc !
Hye,
I am Laurence, Instructional designer at Inria Learning Lab. Welcome to this second session of the reproducible research Mooc.
Have a nice MOOC!

Bonjour tout le monde,

Je suis chercheur CNRS en neurophysiologie affecté à un laboratoire de mathématiques (MAP5).
J’utilise R, Python, du C, emacs et orgmode sur une machine Linux (manjaro).
Ayant un poste permanent, je peux me permettre de publier moins souvent des histoires plus compliquées, c’est-à-dire de faire de la recherche reproductible !
Je suis aussi un des trois enseignants du MOOC qui, j’espère, répondra à vos attentes.

Hi eveyone,
I am a neurphysiologist working in a maths lab MAP5) for the CNRS. I’m using R, Python, C codes, emacs and orgmode on a Linux machine running manjaro.
Since I’m lucky enough to have a permanent position I can afford publishing less often more complicated stories, that is, to do reproducible research.
I’m also one of the three teachers of this MOOC that will, I hope, meet your expectations.

Bonjour à tous,

Comme Christophe, je suis un des enseignants de ce MOOC et autrement chercheur au CNRS. Ma spécialité est la biophysique théorique, et plus précisément la simulation moléculaire. C’est un domaine où la recherche reproductible reste pour l’instant très difficile voir impossible - vous verrez les raisons dans le module 4 du MOOC. Parmi les outils que nous présentons ici, j’utilise moi-même principalement Emacs/Orgmode, Python, et git pour ma recherche, et Jupyter dans mes cours de calcul scientifique.

Hi everyone,

Like Christophe, I am one of the three teachers of this MOOC, and also a researcher at CNRS. My specialty is theoretical biophysics, and in particular molecular simulation. This is a domain where reproducible research remains somewhere between difficult and impossible - you will see the reasons in module 4. Among the tools that we present here, the ones I use for my own work are Emacs/Orgmode, Python, and git, plus Jupyter for teaching computational science.

Bonjour à tous,

Je suis chercheuse en écologie évolutive.

J’utilise R+Rstudio depuis un moment pour mes analyses (et occasionnellement quelques simul) et je suis dans un processus pour rendre ma recherche de plus en plus reproductible.

En ce moment je me mets à Python, donc j’espère pouvoir approfondir mes pratiques en R, et partir du bon pied avec Python.

Hi everybody,
I am an evolutionary ecologist scientist who works on plant evolution.
I use R+ Rstudio for data analysis, and I would like to improve the reproductibility of my research.
I am currently learning Python, so let’s learn to be reproductible with this tool right away!

Bonjour à toutes et tous,

Je suis Jean-Noël, Psychologue du Travail, Ergonome. J’ai un doctorat en Physiologie, Biologie des Organismes, Population & Interaction de l’université de Caen.
J’aime bien la Recherche, ma dernière publication a été mise en ligne ce matin (petit moment de fierté!).
Prochainement, je compte lancer avec un collègue et ami de l’Université de Grenoble : une enquête sur la Qualité de Vie au Travail (avec une version francophone et une version en Anglophone).

Ça fait plusieurs années que je connais FUN MOOC, c’est la première fois que je m’inscris (enfin pas vraiment…), … en tout cas c’est la première fois que je décide de suivre un cours complet.
J’ai vraiment envie d’aller jusqu’au bout !

Voici mes domaines de recherches.

Hello everyone,

I am Kevin, PhD student at UPPA. I would like to improve on the reproducibility and transparency of my research.

Bonjour

Je suis Délara, enseignant-chercheur à l’université Paris Diderot, je fais de la recherche en épigénétique et je cherche à améliorer l’organisation de la recherche dans l’équipe : comment faire pour que ce que je fais puisse être compris et reproduit par mes collègues et quels sont les éléments que je puisse transmettre à mes étudiants pour qu’ils fassent de même. C’est mon premier MOOC et cela m’intéresse aussi de ce point de vue méthodologique.

Hi evryone

I am assistant professor at Paris Diderot University working on Epigenetics.
My aim is to be able to be understandable and that my colleagues can reproduce my results. I would like also to able able to teach good pratice to my students to let then be also understandable and that what they have done be reproductible.
It is my first MOOC and I am interested by the methodology.

Je vais écrire en anglais pour que tous le monde puisse suivre …

Hi all, I am Ahmad associate professor at Grenoble INP. I work on robotics and many stuff.
I am eager to learn form this MOOC.

Bonjour,

Je suis Marion, je suis en première année de doctorat en informatique à Lille. Ces premiers mois j’ai eu à tester la performance de programmes, et je me suis rendue compte à cette occasion à quel point je manquais d’organisation. Je me suis donc inscrite à ce cours pour apprendre à mieux structurer mes notes et organiser mes tests (et arrêter de me prendre la tête sur des données qui disparaissent ^^). J’utilise python, emacs, jupyter notebook, git et j’ai déjà fait un peu de R (avec RStudio).

Hi!
I’m Marion, I am in the first year of my computer science PhD. I’m doing performance analysis of programm and I need to be more organized to stop loosing data and wasting time. I use python, emacs, jupyter notebook, git and I learned to use R (and RStudio) during my studies.

English below

Bonjour,

Je m’appelle Pierre et suis heureux de suivre ce mooc avec vous
Diplômé en 2010 de l’ESC Troyes et de l’UTT en management des systèmes d’informations, j’ai 8 ans d’expérience dans la gestion de projets numériques (implémentation / développement) et suis devenu coach Agile.

J’ai quitté mon job en Juin 2018 pour me lancer dans des activités associatives, notamment à l’Assemblée Virtuelle qui développe des logiciels autour du web semantic.
Je suis militant pour une société plus participative, dans le pouvoir et dans la recherche. A ce titre, je suis aussi impliqué dans l’association Sciences Citoyennes.

A bientôt,
Pierre

English

Dears,

My name is Pierre and happy to follow this course together
I’ve been gratuated in 2010 of Business School (ESC Troyes) and Engineering (UTT) and I’ve been working in digital project management since.

I’ve quit my job in June 201! in order to start non profit activities, with l’[Assemblée Virtuelle] which develop Linked Data Software. I’m also an activist in participativ democraty and open science ( big fan of Aaron Schwartz)

Keep cool !
Pierre

Bonjour à tous,

Je suis doctorante (en toute fin de thèse) en génétique des populations. Au cours de ma thèse, j’ai utilisé à la fois des données expérimentales et des simulations. J’ai essayé de m’organiser du mieux que je pouvais, mais maintenant que je reviens sur certaines choses, je me dis que ce n’était pas l’idéal !
J’utilise principalement R et RStudio, mais à terme j’aimerais bien me former en Python aussi

English

Hello everyone,

I am a population genetics PhD student (at the very end of my PhD). During my PhD, I used both empirical and simulation data. I tried to organize everything as best as I could but looking back on some of my stuff, I realize my methods are far from perfect!
I mainly use R on RStudio but I would like to form myself on using Python as well.

Margaux

Bonjour,

Je me nomme Baptiste. J’ai un doctorat en géopysique, dont la thématique comprenait autant d’expérimental en laboratoire que de simulations numériques. Celà m’a poussé assez tot à me poser des questions de méthodologie, de transmission et sur le choix du bon outil.
Je suis aujourd’hui ingénieur en calcul haute performance dans le centre de calcul de l’université de Cergy-Pontoise. À ce poste, je suis spectateur privilégié des pratiques très variées que l’on peut rencontrer d’un laboratoire à un autre, et des cultures qui y sont associées. Pouvoir proposer un langage commun à tout ce petit monde est mon objectif.
Je développe en python depuis 5 ans, et je me suis mis à R depuis peu (autres spécilaités : Fortran, scilab/matlab, bash, un peu de C/C++). Je ne connais pas emacs car je suis membre de l’autre secte : VI !

Baptiste

Bonjour à tous,

Je m’appelle Andry Zaid et je suis doctorant en matériau à Centrale Lille. Je suis ravi de suivre ce mooc avec l’équipe. Au cours de ma thèse, je jongle beaucoup avec les expérience et la simulation. Je suis souvent tombé sur la question de reproductibilité de mes essais donc me voila sur ce mooc.

Good morning, everyone,

My name is Andry Zaid and I am a doctoral student in materials at Centrale Lille. I’m happy to follow this mooc with the team. During my thesis, I do a lot of juggling with experience and simulation. I have often found the question of reproducibility of my tests so here I am on this mooc.

Bonjour à tous,
Je suis Da Silva Malik, doctorant (1ere année) en parasitologie/biologie moléculaire au Laboratoire Chronoenvironnement à l’Université de Bourgogne-Franche-Comté. Je fais ( vais faire) pas mal d’expérimentations au cours de ma thèse et donc la question d’organisation, de méthodologie et reproductibilité se pose d’où l’inscription à ce MOOC. J’utilise R et Rstudio. Je voudrais bien me mettre à python.

Bonjour,

Je suis chercheur en informatique, sur le sujet des langages de programmation. Je suis un grand utilisateur d’org-mode et j’aimerais en apprendre plus. Je ne connais ni R, ni python, donc je vais me former sur le tas.

Hi,

I’m a researcher in computer science, working mostly on programming languages. I use org-mode a lot and hope to learn more about it. On the other hand, I don’t know R nor python so I will have to learn them as we go.

Bonjour, je m’appelle Océane Ballouhey et je suis en 1ère année de thèse au Centre de Génétique Médicale de Marseille.

Hello to all,

My name is Iván Carrera, I’m a Computer Science PhD student at University of Porto.

My research is focused on applying Big Data and Artificial Intelligence to the Drug Discovery process. I work with Bioinformaticians.

I really need to start making my research reproducible, because usually I get lost in all the different alternatives I make to my analysis software.

Let’s have a good course.

Bonjour,
Je suis doctorant en première année au Laboratoire d’Informatique de l’École polytechnique (LIX).
J’essaie de prendre des notes sur tout ce que je fais mais je me retrouve souvent avec beaucoup de documents éparpillés. Je cherche donc une méthode que j’arriverai à suivre afin d’accroître ma productivité tout en conservant du code bien documenté.

Hi,
I am first year PhD student at the Laboratoire d’Informatique de l’École polytechnique (LIX).
I try to take notes about all what I do, but it often results in multiple scattered documents. I am searching a method that I can follow to increase my productivity while keeping a well documented source code.

Bonjour,

Je suis chercheur en Neuroscience à l’Institut de Neurobiologie de la Méditerranée, à Marseille.
Biologiste de formation, j’utilise les jupyter notebooks pour analyser des données de neurophysiologie et de comportement animal. Dans l’équipe que je co-dirige nous essayons depuis qq années d’utiliser des outils qui nous permettent de reproduire facilement et sur le long terme nos analyses et les figures de nos articles. Je sais qu’il y a des notions de bases qui m’échappent encore, d’où ma participation à ce mooc.

Bonjour,
Je m’appelle Alexandre Constantin, je suis en première année de doctorat à Inria Grenoble.
Je m’intéresse à la recherche reproductible pour diffuser plus facilement des connaissances.
Je m’intéresse donc à cette formation et je pense que la suivre dès la première année dans le domaine de la recherche est très intéressant.
De plus le parcours orgmode m’intéresse tout particulièrement pour pouvoir approfondir mes connaissances en emacs (je connais déjà les notebooks comme jupyter, mais j’utilise plus emacs).

Bonsoir,

Je m’appelle Aslam MOUSSAJEE. Je suis enseignant en Collège en mathématiques à l’île de La Réunion.

Je suis content de pouvoir apprendre des choses sur un domaine qui me paraît essentiel. Je m’intéresse également aux langages informatiques, notamment Python.

Bonjour à tous,

Je suis un des enseignants de ce MOOC et je me présente avec un peu de retard par rapport à mes collègues, Konrad, Christophe, Laurence, Marie-Hélène, and Benoît. Je suis chercheur au CNRS en informatique et je travaille dans une équipe de l’Inria sur des problèmes d’évaluation et d’optimisation de performance de grands systèmes distribués. La recherche reproductible prend au moins deux colorations particulières dans ce contexte: 1) la traçabilité, l’intelligibilité et la mise à disposition des analyses effectuées 2) le contrôle et la transparence des pratiques expérimentales. Au jour le jour, j’utilise intensément emacs/orgmode pour ma propre recherche, Rstudio pour enseigner, et jupyter avec certains de mes doctorants.

J’espère que vous vous amuserez bien en suivant ce MOOC!

Hi Everyone,

I’m one of the teachers of this MOOC although I’m arriving a bit late compared to my colleagues Konrad, Christophe, Laurence, Marie-Hélène, and Benoît. I am also a researcher at CNRS in computer science working and I work in an Inria team on performance evaluation and optimization of large distributed systems. In this context, reproducible research has two different flavors: 1) the tracability, clarity, and availability of data analysis 2) the control and transparency of experimental protocols. I intensively use Emacs/org-mode on a daily basis for my own research, Rstudio whenever teaching probabilities/statistics to students, jupyter with some of my PhD students.

I hope you’ll have fun with this MOOC!

Bonsoir à tous,

Je suis Chawki, je suis doctorant en informatique en 2eme année de thèse à l’université d’Oran en Algérie. Je travaille sur le domaine des systèmes embarqués et plus spécifiquement des systèmes dits temps-réel. J’ai eu durant mes travaux lire des papiers et reproduire leurs expérimentations pour aboutir à une comparaison empirique. Je ne vous cache pas que c’est difficile de reproduire les résultats des autres, ce qui m’a amené à m’inscrire sur ce MOOC,

I’m Chawki, a 2nd year PhD student in computer science field. I work on the embedded systems field, more precisely on such real-time one. I’m doing empirical comparative study among several experiences related to published works. My main motivation to my registration on this MOOC, is to improve my research quality to make them more reusable and clear.

Bonjour tous,
Je suis Laure, en doctorat en écologie de la conservation dans le domaine marin. Je me sers de R pour mes recherches, ainsi que d’autres logiciels permettant de faire des simulations de scénarios de conservation. Je suis intéressée par votre MOOC pour apprendre la démarche d’une recherche reproductible. Merci.

Bonjour à tous,
Je m’appelle Pauline. J’étudie les sciences de la Terre en 2ème année de Licence. J’ai décidé de suivre ce mooc pour me former en méthodologie. J’aimerais faire de la recherche et j’ai à coeur de prendre tout de suite de bonnes habitudes. Je pense que cela va m’être très utile aussi pour mes stages en terrains naturels qui arrivent prochainement, pour gagner en efficacité et en fiabilité.

Hi everyone,
I am Pauline. I study geosciences in L2 (2d year of license). I follow this mooc to learn from the start the correct scientific methology.

Bonjour à toutes et à tous,
Je m’appelle Lucence et je suis en première année de thèse en philologie numérique. Je souhaite me former sur ces problématiques de recherche reproductible. Merci pour cette offre de formation !

Bonjour à tous !
Je suis ingénieur de recherche au DSI de l’INSERM, travaillant sur les problématiques d’informatique scientifique. La reproductibilité est au coeur des préoccupations de nombreuses équipes avec qui je travaille.

Hi everyone,
I am a research engineer from INSERM computing department, working on computational science. Reproducibility is a key point for most of the research teams I work with.

Hi,

I’m an INRIA intern, with too much time in my hands, and this MOOC could be a relevant way to use it.

Je suis stagiaire à l’INRIA, j’ai trop de temps pour mon propre bien, et ce MOOC serait une occasion d’en investir une partie de façon responsable.

Bonjour à tous, Je suis un étudiant au doctorat en nanoscience et micro nanotechnologie à Mexico. Je suis intéressé par ce cours car le traitement des données est très important dans mon métier.

Hello everyone, I am a doctoral student in nanoscience and micro nanotechnology in Mexico City. I am interested in this course because the handling of data is very important in my profession.

Bonjour,

J’ai lu à propos de ce MOOC sur la liste de diffusion semin-r. Je suis développeur Big Data. J’ai déjà travaillé avec R, Sweave et RStudio. Et je m’intéresse à la recherche reproductible depuis bientôt 10 ans.
Je suis curieux de voir ce que ce MOOC va m’apporter.

Bonjour,
Je suis François Stransky, Doctorant en Biologie Moléculaire à l’Institut Jacques Monod et je commence à avoir des résultats sur mon étude de l’ARN polymérase… d’où le besoin de pouvoir tout mettre en forme proprement alors que je commence mes analyses !

Hello,
My name is Emmanuelle Comets. I work as a scientist in Inserm, and my area of research is pharmacometry, dealing with longitudinal data analysis using non-linear mixed effect models, mostly applied to the study of drug-concentration-effect relationships.
I use LaTeX and R on a daily basis, and I want to learn more about notebooks to keep track of the different projects I am involved in. I’m also interested about how to add traceability and collaboration aspects in what I do.
This is my first MOOC

Bonjour. Je m’appelle Lionel, je suis ingénieur de recherche au laboratoire de météorologie dynamique, à Paris. Je me demande, si dans certains cas, un notebook Jupyter serait plus pratique qu’un dossier contenant un document LaTeX, des figures et des fichiers contenant les scripts pour créer ces figures. Par ailleurs, j’utilise Git avec Github et je me demande ce qu’apporterait Gitllab. Enfin, j’utilise beaucoup Emacs mais je ne connais pas Org-mode et je suis curieux de savoir ce qu’est.

High, my name is Jean-Paul. I am working as a transition manager in the field of Information systems. For taking notes I use a mix of markdown files (Visual Studio Code as editor and file versioning thru git) and mind maps (Freeplane as editor). I also tried jupyter notebooks when working with data and python but with less mastery. Having great respect for science and scientists, this mooc fits in perfectly to help improve my working methods.

Hi ! I’m Antoine, PhD student at the EHESS in Political Studies. I think social sciences have a lot to learn in terms of research sharing and reproducibility. That’s precisely why I’m here

Hello everyone;
my name is mouad. I am in an internship at INRA ANGERS. As a computer vision engineer, i exploit computer vision tools like image and signal processing and machine learning algorithms to automize manual procedures done in INRA in order to evaluate the resistance of varieties for instance.

Hi ! My name is Aymeric. I am a PhD student in Information and Communication Sciences (3rd year) at the University of Franche-Comté. I work with Python and R to analyze data from my experiences, but since I learned on the job, I want to be trained on research reproducibility.

Hi,
my name is Samuel Buis, I am a research engineer in scientific computing at INRA Avignon. I work on mathematical methods for modelling such as sensitivity analysis, parameter estimation methods … I mainly use Matlab but will progressively switch for R. I would like to improve my practice in terms of reproducible research.

Bonjour;

Je suis Djibril; doctorant à Dijon.

Je travail sur les ontologies dans un cadre de représentation de connaissances identifiable par des systèmes d’intelligence artificielle.

J’aimerai de comprendre les outils mentionnés dans la présentation de ce mooc.

Bon mooc à tous.

Bonjour,

Je suis ingénieur en bio-informatique à l’INRA de Clermont-Ferrand.
J’utilise principalement markdown et de temps en temps rstudio pour mes projets et je suis ici pour améliorer mes méthodes de travail et en apprendre plus sur org-mode entre autres.

Bientôt une étude sur performance dans les MOOC et insomnie ? (en espérant que le forum ne logge pas l’heure de ce message…)

Bonjour Alvin, Konrad, Christophe, Laurence, Marie-Hélène, and Benoît et bien sûr à tous les autres participants du MOOC

Je suis Samusz, Sacha Muszlak, ingénieur INRA au centre de Jouy-en-Josas dans l’unité Neuro-(physio)-Biologie de l’Odorat. Je pratique ou ai pratiqué R, python emacs org-mode, vim, R et Rstudio (Rmd) avec des succès relatifs.

J’adore LaTeX et l’export latex d’org-mode rends mes présentations Beamer super simples à réaliser.
(Et bien sûr le CV)

Je vais bientôt changer de poste pour devenir un peu plus encore “data scientist” dans une équipe d’épidémiologie.

J’ai besoin de documenter mon process et git log ne suffit pas !

J’espère utiliser ce cours comme un rappel et approfondissement de ma lecture du Org-mode manual.

Je suis dans un projet impliquant de travailler en ssh avec SGE sur un cluster de calcul (pour les calculs trop gourmands) et j’espère qu’il y aura la possibilité de parler de cette problématique.

ps ma première tentative de présentation a rencontré un bug avec la fermeture du pop up de formatage de liens

Bonjour à tous,
Je suis actuellement doctorant en informatique et salarié à temps plein de l’éducation nationale (prof de mathématiques dans le secondaire). Je vais découvrir R, Python … et n’ai aucun doute sur la vertu éducative de cette formation.
Bruno.

Hello!

I’m Bruno Alves, I am from the south of Brazil and I am in the fourth year of my computer science degree course. I am currently working in a lab focused on HPC and we are doing some research in containers for HPC.

I am expecting to improve my skills on the reproducibility of my research.

Bonjour,

Je suis enseignant-chercheur en biologie.
Dans tous les environnements par lesquels je suis passée, les outils informatiques étaient basés sur les suites Microsoft.
C’est consciente de mes lacunes en statistiques et passionnée par les MOOCs que j’ai d’abord découvert R pour les outils statistiques.
Aujourd’hui je découvre grâce à ce MOOC un nouveau monde de pratiques et de possibilités.
Je vais sans doute poser des tas de questions de néophyte.
Merci, et au plaisir d’interagir avec vous au fil des activités.

Hello,
I am a biologist and in every lab I worked in, informatic tools were based on Microsoft. Only recently, with the opportunity of FUN MOOC and painfully aware of the gaps in my statistical knowledge, I started to use R for statistics.
With this MOOC, I’m discovering a whole new world of possibilities and applications.
Nevertheless, I may have a lot of newbie questions
I’m looking forward to exchanging with you…
Marie

Bonjour,
mon nom est Mélodie et je suis ingénieur de recherche en neurosciences. Commençant bientôt un nouveau chapitre professionnel, je souhaiterais refaire un point sur les bonnes pratiques méthodologiques pour une recherche reproductible.

Hello, my name is Melodie and I am a research engineer in neurosciences. Starting soon a new professional chapter, I wish to update my good practice in methodology to ensure reproductible research.

Hi folks,

My name is Hugo Salmon, PhD in Physics applied to life sciences, agrégé in Mathematics and Engineer from Centrale Lille. I am currently a postdoctoral researcher at McGill U, Montréal, CA in bio-interfaces for analytical chemistry and drug screening. For learning more on my research activites:
https://twitter.com/HugSalmon

I had started this terrific MOOC in January, could not find the time to finish it. This time is the right time.

Many thanks to the MOOCRR team!

Best

Bonjour,

je m’appelle Nicolas Guillaudeux et je suis doctorant en première année en informatique à l’INRIA/Irisa de Rennes et je travaille sur la prédiction de transcrits.

Bonjour,

Je suis Kévin, doctorant en bioinformatique de première année à l’Inria de Rennes.
Auparavant j’étais ingénieur d’étude et je m’occupais des analyses statistiques, j’utilisais donc R et Rstudio.
Pour ma thèse c’est Python que j’utilise principalement.

Ce MOOC va me permettre de mieux organiser mes projets à la fois pour moi-même et pour mes collègues.

Hello to all, my name is Carlos Gonzalez, from Mexico and I’m an Engineering professor teaching Inferential Statistics. I found this course and found it interesting for my professional development and for sharing with my students. Hope to be able to contribute to the group.