Archive du forum du MOOC Recherche Reproductible Session 2

KnitR to Pdf dans Rstudio

mariemaurer

Bonjour,

Je rencontre une difficulté à convertir mon travail dans Rmarkdown en pdf pour le travail évalué par les pairs du module 3.

J’ai téléchargé MiKteX en version Complete, mais je ne parviens toujours pas à obtenir un pdf.
Le message d’erreur dans la console est le suivant.

Sorry, but C:\Users\Marie\AppData\Local\Programs\MIKTEX~1.9\miktex\bin\x64\pdflatex.exe did not succeed.

The log file hopefully contains the information to get MiKTeX going again:

C:\Users\Marie\AppData\Local\MiKTeX\2.9\miktex\log\pdflatex.log
Erreur : Failed to compile exercice_fr.tex. See https://yihui.name/tinytex/r/#debugging for debugging tips.
De plus : Warning message:
In readLines(logfile) :
ligne finale incomplète trouvée dans ‘exercice_fr.log’
Exécution arrêtée

Sur le lien qu’ils indiquent pour debugger, une indication est donnée, que j’ai suivie, d’insérer en code R la commande :
options(tinytex.verbose = TRUE)

Mais ça ne donne pas plus d’effet.

Que faire ?

Merci de vos réponses
Marie

mgdondon

Bonjour,

Vous pouvez essayer de réinstaller le package rmarkdown avec les dépendances :

install.packages("rmarkdown",dep=TRUE)

Cordialement,

mariemaurer

Bonjour,

Merci du conseil, mais ça ne marche pas davantage…

C’est le même message que précédemment.

Ceci dit, j’ai été voir le chemin de pdflatex.exe indiqué et il n’est pas bon. Est-ce que ce pourrait être cela ? Et comment dans ce cas indiquer à R le bon chemin ?

mgdondon

Bonjour,

Je vois que j’ai les deux chemins suivants dans la variable d’environnement PATH :

C:\Program Files\MiKTeX 2.9
C:\Program Files\MiKTeX 2.9\miktex\bin\

Peut-être pouvez-vous essayer de les ajouter.

Ceci nécessite de passer par l’éditeur de variables d’environnement comme expliqué ici.

Cordialement,

mgdondon

Bonjour,

Je ne me souviens pas avoir eu besoin d’ajouter ces chemins pour l’export depuis RStudio. Je dois les avoir ajoutés pour Jupyter ou Emacs.

J’ai trouvé ce message qui propose différentes solutions. Personnellement je commencerais par désinstaller et réinstaller MikTex.

Cordialement,

mariemaurer

Bonjour,

J’ai suivi la marche à suivre d’une des réponses du dernier lien (désinstaller MiKTeX, désinstaller/réinstaller Adobe reader, puis réinstaller MiKTeX en créant un dossier sur C:/ pour y mettre les fichiers MiKTeX) et ça fonctionne. Visiblement, il y aurait des questions de permissions sur C:/Programs Files (x86).

Merci de votre aide,

Très bonne journée !
Marie

mgdondon

Merci pour votre retour,

Bonne soirée,