Export des documents Org/Babel : d’autres options !

Bonjour à tous,

Ayant découvert Emacs, Org-mode et son moteur d’export de documents dans cette formation, je commence à explorer des fonctionnalités qui ne sont pas abordées dans le MOOC et j’aimerais savoir comment les pros d’Emacs s’y prennent

1. Pour l’utilisation de références biblio : je vois que le “starter kit” d’Emacs fourni dans le MOOC n’a pas l’air d’utiliser le module org-ref. Est-ce pour simplifier les choses, ou y a-t-il de bonnes raisons de ne pas l’utiliser ? (Incompatibilités, problèmes, etc. ?)

2. Pour l’export du code source, j’ai l’impression que l’export “de base” est plutôt rustique :

• pas de coloration syntaxique des blocs de code source dans le PDF exporté ;
• en export PDF/TeX, pas de moyen très simple de différencier le code source du résultat affiché en-dessous (pas d’encadrement comme en html, pas de couleur de fond, etc.)
  J’ai ajouté les lignes suivantes dans le fichier .emacs et ça améliore beaucoup le rendu, mais ça rend dépendant de plein de trucs externes :

(require 'ox-latex)
(setq org-latex-listings 'minted)
(add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "minted"))
(add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "color"))

puis directement en en-tête du fichier Org :

#+LATEX_HEADER: \usepackage{mdframed}
#+LATEX_HEADER: \BeforeBeginEnvironment{minted}{\begin{mdframed}}
#+LATEX_HEADER: \AfterEndEnvironment{minted}{\end{mdframed}}

Et maintenant, le code source exporté est coloré et encadré dans le PDF final. Mais y a-t-il un moyen “natif” (i.e. sans dépendre de Pygments via minted notamment) et plus simple de gérer ça ?

3. Pour finir, j’ai l’impression qu’il est très difficile (voire impossible) de gérer correctement des références bibliographiques dans un document Org sans passer par du PDF et LaTeX. Il semble que pour exporter un document html avec une jolie bibliographie, la meilleure solution soit d’exporter un .tex, puis de convertir ce .tex en html ou en odt en invoquant pandoc dans une console, ce qui n’est pas trop pratique…
   Connaissez-vous des moyens plus simples ?

Mille mercis en tout cas pour cette découverte d’Emacs et Org-mode, ça va me changer la vie

A mon avis, vos explorations qui ont bien aboutis vous qualifient de “pro d’Emacs” ! Je n’ai pas grande chose à apporter à la question autre qu’expliquer que notre “starter kit” est volontairement minimaliste et se concentre sur l’aspect “recherche reproductible”.

Pour gérer les bibliographies, il y a un grand nombre de possibilités, dont aucune n’est en générale meilleure ou pire que les autres. Tout dépend du type de document qu’on veut rédiger, et surtout de la façon dont on gère sa base de données bibliographiques. Personnellement, j’utilise Zotero, ce qui rend org-ref peu intéressant pour moi, mais cela ne veut pas dire qu’il y a un problème avec org-ref.

Plus généralement, Emacs encourage ses utilisateurs à composer une boîte d’outils sur mesure, et vous êtes en train de le faire. C’est autant le point fort d’Emacs (on finit par avoir un outil optimisé pour ses goûts et besoins) qu’une source de friction en collaborant avec d’autres dont les goûts et besoins sont toujours un peu différents.

Ceci explique pourquoi je ne peux pas répondre à vos questions plus détaillées: personnellement, je n’utilise pas du tout org-mode pour écrire mes publications, parce que mes collaborateurs habituels n’utilisent pas Emacs. J’écris directement du code LaTeX, avec Emacs bien sûr mais mes collègues utilisent d’autres éditeurs, et tout le monde y trouve son compte.

Si vous voulez voir jusqu’où on peut aller avec Emacs en science, regardez le blog du chimiste John Kitchin.

Merci beaucoup pour ces réponses et pour le lien vers le blog, je vais me plonger dans tout ça avec attention !
(Et au passage, bravo encore pour vos vidéos et pour ce MOOC, au top !)