Archive du forum du MOOC Recherche Reproductible Session 2

Alternatives à Orgmode

bclmary

Salut à tous,

Arrété par la difficulté d’accès de Orgmode (et membre de la secte VI plutot que de la secte emacs), mais convaincu de la puissance de l’outil, je suis parti à la recherche d’alternatives.

Mon choix s’est arrété sur Zim, que j’ai maitrisé (dans les grandes lignes) durant une après midi.
Zim se défini comme un éditeur de wiki presonnel, avec ce que cela implique d’hyperliens entrecroisés.
Il permet aussi:

  • de tenir un journal
  • de gérer des étiquettes/tags
  • de gérer des todo lists et autres cases à cocher avec dead lines et niveaux de priorités
  • d’intégrer du code source (avec reconnaissance de syntaxe)
  • de versionner automatiquement (tout les X temps ou à chaque fermeture), via le gestionnaire de son choix (testé avec git).
  • gestion automatique de l’enregistrement et de l’arborescence de dossier (qui peut être un casse tête philosophique à gérer soi-même)
  • sauvegarde en plain-text ou en crypté
  • intégration à un agenda (pas testé)
  • et d’autres choses non testé ou déjà oublié.

La lecture des quelques pages de la doc du site s’impose, mais c’est vite intégré. L’installation est simple (en tout cas sous debian/ubuntu), et l’integration des nombreux plugins très facile (exception faite des dépendances éventuelles, mais elles sont toujours listées dans la description du plugin).

Voilà pour mon retour sur zim.
Si vous connaissez d’autres outils, je suis preneur.

alvin38

Bonjour,

intéressant! Merci pour ce retour. Pour info, mes doctorants adeptes de vi ont survécu en utilisant emacs + evil-mode. Ils étaient assez contents de la combinaison. Je vais leur parler de zim et je vous ferai suivre leur retour.

A+

Arnaud


VI VI VI The editor of the beast.

bclmary

Précision :
Contrairement à ce que suggère (vaguement) le nom et ma confession, zim n’a rien à voir avec VI ou VIM.
C’est un logiciel agnostique :wink:
Autre précision: Zim utilise un langage de balisage qui semble être du wikidoc.

ChristophePouzat

Bonjour,

J’avais un peu testé zim lors de la préparation du cours et je suis d’accord que c’est une solution de prise de notes qui fonctionne bien, sans nécessiter la longue initiation d’un logiciel comme emacs . Mais comme il se limite à la prise de notes individuelle, j’avais fini (peut être à tort) par privilégier dokuwiki qui me semble offrir essentiellement les mêmes possibilités que zim tout en bénéficiant d’une grosse communauté. Ce qui me rend réticent à l’égard de zim c’est qu’il n’y a qu’un seul véritable développeur : https://github.com/zim-desktop-wiki/zim-desktop-wiki/graphs/contributors. Enfin, sauf erreur de ma part, zim « reconnaît » les langages de programmation, mais ne vous permet pas d’exécuter ni de compiler vos codes (c’est ce qui fait qu’on ne peut plus se passer d’emacs / orgmode quand on a commencé à l’utiliser).

Mais si vous êtes content avec, c’est très bien ! Les logiciels, c’est comme les chaussures, tout le monde ne peut pas utiliser les mêmes et il est inutile de perdre son temps en veines disputes emac vs vi vs zim vs dokuwiki ; à la fin la question de gout y joue un rôle prépondérant et il n’y pas de moyen de se mettre d’accord.

Christophe

khinsen

Comme a dit très bien Christophe, chacun doit trouver l’outil qui lui convient le mieux. Ça vaut la peine de chercher un peu, d’ailleurs. Pour la prise de note, l’offre du marché est énorme, et chaque outil a ses amateurs. Notre choix des trois outils pour ce MOOC a été guidé par les documents computationnels, et là le choix est nettement moins important.

Le seul critère qu’impose l’approche de la recherche reproductible, c’est de garder le contrôle sur ses données, et pouvoir appliquer la gestion de versions. C’est le cas de tout outil qui utilise un stockage dans des fichiers ordinaires, comme le fait Zim. A proscrire: les gestionnaires de notes “dans le cloud” (ce qui veut dire: sur un ordinateur contrôlé par quelqu’un d’autre) comme Evernote ou OneNote.

khinsen

Un autre outil intéressant à explorer est Leo, qui permet pas seulement la prise de note structurée mais aussi le calcul en langage Python. Un script Python dans Leo peut même accéder au document qui le contient, ce qui offre des possibilités intéressantes (un peu comme avec Emacs quand on programme en Emacs Lisp).